历史上，长江口北岸的发育模式是一代代沙岛或沙岛群向北并岸,形成新的江口北部岸线。明代宣德年间,巡抚周忱奏定狼山以南、宝山以北，西起福山、东迄佘山,其中水面都是崇明的境域,即所谓“以涨补坍”,使崇明常屹立于江海之间。然而，因江口沙洲的涨、坍，多涉及各地的地域分野,所以历年因争界引起的纠纷多有发生。崇明各沙洲坍涨不定,治城经历六建五迁,始得稳定。
一、主要沙洲涨坍
崇明沙洲形成至今有1400年历史。唐武德年间(618～626年),长江口积涨出两个沙洲,相隔70余里，史称西沙(又称顾俊沙)、东沙。后来“渐积高广,渔樵者依之,遂成田庐”。武则天万岁通天元年(696年),开始有渔民、樵夫在西沙定居。
北宋天圣三年(1025年),东沙北面涨出新的沙洲,最早移居开垦的为姚、刘两姓,因此称作姚刘沙,之后逐渐与东沙接壤。建中靖国元年(1101年),姚刘沙西北50余里的地方也出现一个新的沙洲,由于三次叠涨,因此名“三沙”。一说因句容朱、陈、张三姓首先居住，故而得名。至宋代，在西沙逐渐形成平等、道安、释乐3个村,之后逐渐坍塌。
元代,东沙逐渐南坍北涨，姚刘沙不断涨积,三沙也逐渐扩张。元末明初,东沙坍没大半。
明代建文年间(1399—1402年),在三沙西南30余里处涨起平洋沙。正德年间(1506—1521年),长沙露出水面,在平洋沙东南，该沙成陆后位置基本未产生迁移。在此期间,姚刘沙与西北三沙连成一片,而西沙坍塌仅剩道安一个乡。嘉靖二十九年(1550年)左右，姚刘沙坍没,三沙始坍。万历十一年(1583年),平洋沙始坍,后来坍存部分渐与长沙接壤。
明末清初，长沙开始持续涨积。清康熙元年(1662年),随江流变化,三沙大半坍没,留下东三沙和西三沙的残余。明清时期,又有大安沙、高明沙、享沙、日隆沙、富民沙、南沙等许多沙洲时东时西、忽南忽北涨坍变化。清初,以长沙为主体的沙洲相互连接形成现今崇明岛的基本形状。20世纪中期开始至今,北部滩涂与东部滩涂团结沙、东旺沙持续涨积并大规模围垦,崇明本岛面积从600余平方公里扩大至1269.1平方公里。
长兴岛、横沙岛同样是长江口的河口沙洲，其成陆过程一如长江口北岸千百年来的发展演变模式——北部沙洲并岸,新的沙洲在南部积涨。长兴岛形成于清道光年间(1821—1850年),距今170年左右。横沙岛形成于清咸丰年间(1851—1861年),有160多年历史。
二、建置变迁
五代十国时期,吴国与吴越在长江口一带争战,静海都镇遏使姚彦洪(治所在今南通市)于杨吴天祚三年(937年)在西沙设立崇明镇,崇明沙洲始有建置。
937年末，李昪取代杨吴,国号大齐,后改国号唐(史称南唐),改年号为昇元，继续管辖崇明镇。李璟继位后,崇明镇辖于静海制置院(今南通市)。显德五年(958年)，后周军队攻下南唐在江北的所有领地,废除崇明镇建置。
北宋初,恢复崇明镇建置,归通州海门县管辖。朝廷发配流刑犯人在崇明沙洲煎盐生产,崇明岛盐业从此开始。
南宋时,韩侂胄、张循王、刘婕妤各有庄园设在姚刘沙,以取渔盐之利。嘉定十五年(1222年),在姚刘沙设置天赐盐场,抽征盐税。宝庆元年(1225年),拨隶淮东总领所。
元至元十四年(1277年),崇明镇升为州,隶属扬州路。首任崇明知州薛文虎在姚刘沙天赐盐场场署旧址建立州城。改崇明镇为西沙巡检司,仅存的道安村改为道安乡。元至正十二年(1352年),旧城坍没,州城迁于原址北15里处。是为始迁，之后历经五迁六建。
明洪武二年(1369年),崇明降州为县,仍隶扬州路。洪武八年(1375年),改隶苏州府。弘治十年(1497年),崇明县兼隶于太仓州。
清顺治年间,南明御史沈廷扬、将领郑成功、张名振反攻崇明岛。顺治十六年(1659年),郑成功率领水师进攻崇明县城(今城桥镇),被总兵梁化凤带领崇明县军民击退。雍正二年(1724年),崇明县专隶于太仓州。
民国时期,先后隶属于江苏南通、松江。1949年6月2日,崇明解放,隶属南通专区。1958年12月1日,改隶上海市。
2005年5月18日,经上海市人民政府报请国务院批准,原属上海市宝山区的长兴、横沙两个乡行政区域，整体建置划入崇明县。2009年11月18日,长兴撤乡建镇。
2016年3月26日，上海市委、市政府召开市委书记专题会议,研究部署崇明撤县设区工作,之后向国务院正式上报请示件。6月,国务院批复同意。7月22日,上海市委、市政府召开“崇明撤县设区”工作大会,改崇明县为崇明区。
三、历史上的大规模沙洲划拨
清雍正十三年(1735年),拨十二沙(山前、永兴、扁担、大年、小年、万盛、龙珠、三角、丁家、藤盘、杨桩、汤家)隶通州。乾隆三十三年(1768年)，割十一沙(半洋、富民、太平、乌桂、复兴、大洪、戏台、永年、大安、小安、日盛)属海门厅,崇明西北地域大为缩小。
光绪初年，与宝山县争崇宝沙，被判中分为界,而崇明县东南地境又缩小。
1928年3月1日,崇明外沙(又称北沙)划出,与海门县吕四等地,设置启东县。
四、嵊泗列岛归属与划出
清康熙二十九年(1690年),分江浙洋汛。江浙两省各派员勘定洋界,在小洋山岛立江浙分界碑。“以羊山、马迹山(泗礁山)为界。马迹山脚以南之洋岛属浙江,大羊山脚以北之洋岛属江南。”嵊泗大部分划归江南省,隶于太仓州崇明县。
1912年,嵊泗列岛隶属江苏省崇明县；1916年，属江苏省沪海道崇明县；1918年，沪海道废,由江苏省水上第一警察厅负责治安和防务,行政仍属崇明县；1934年,嵊泗列岛设区,为崇明县第五区；1946年,嵊泗列岛改为江苏省直辖区。
五、崇明治城六建五迁
由于海潮和江流的作用,长江河口沙洲的坍涨受到很大的影响,沙洲的境域很不稳定。崇明治城经历六建五迁(州治一迁，县治四迁)：
姚刘沙南坍北涨,元至正十二年(1352年),崇明州旧城坍没,州城一迁于北15里处。
永乐十八年(1420年),城南为海潮坍逼,县城二迁于北10里处秦家符(村)。
嘉靖八年(1529年),秦家符(村)县城坍没于海,县城三迁于三沙马家浜，该城存在20余年就坍没。
嘉靖三十四年(1555年),县城四迁于平洋沙,存在近30年。
万历十六年(1588年),县城五迁于长沙,城周方圆4里7分，即现今崇明区委、区政府所在地。明清时期,此县城南距长江10～15里。清嘉庆至光绪年间,长江南泓主流北偏,城南一带又被江水冲坍,县城有再次被逼迁移的危险。黄清宪、王清穆、曹炳麟等乡绅全力保坍,向清廷力争国库资金支援修筑江堤,县城得以保全。
